果汁飲料灌裝機一般流程：

裝有空瓶的箱子堆放在托盤上，由輸送帶送到卸托盤機，將托盤逐個卸下，箱子隨輸送帶送到卸箱機中，將空瓶從箱子中取出，空箱經輸送帶送到洗箱機，經清洗干凈，再輸送到裝箱機旁，以便將盛有飲料的瓶子裝入其中。從卸箱機取出的空瓶，由另一條輸送帶送入洗瓶機消毒和清洗，經瓶子檢驗機檢驗，符合清潔標準后進入灌裝機和封蓋機。飲料由灌裝機裝入瓶中。裝好飲料的瓶子經封蓋機加蓋封住并輸送到貼標機貼標，貼好標簽后送至裝箱機裝入箱中再送到堆托盤機堆放在托盤上送入倉庫。

果汁飲料無菌灌裝機按灌裝原理可分為常壓灌裝機、壓力灌裝機和真空灌裝機；

常壓灌裝機是在大氣壓力下靠液體自重進行灌裝。這類灌裝機又分為定時灌裝和定容灌裝兩種，只適用于灌裝低粘度不含氣體的液體如牛奶、葡萄酒等。

壓力灌裝機是在高于大氣壓力下進行灌裝，也可分為兩種：一種是貯液缸內的壓力與瓶中的壓力相等，靠液體自重流入瓶中而灌裝，稱為等壓灌裝；另一種是貯液缸內的壓力高于瓶中的壓力，液體靠壓差流入瓶內，高速生產線多采用這種方法。壓力灌裝機適用于含氣體的液體灌裝，如啤酒、汽水、香檳酒等。

真空灌裝機是在瓶中的壓力低于大氣壓力下進行灌裝;這種灌裝機結構簡單，效率較高，對物料的粘度適應范圍較廣，如油類、糖漿、果酒等均可適用。